入元以后，元统治者同样面临如何争取汉族士人支持的问题，故对道教亦同样表示崇奉。公元1219年，当成吉思汗还在率军西征时，就迫不及待地遣使臣前去登州宣召当时全真道首领邱处机，邱处机当时已先后拒绝金、宋的邀请，正在山东观望形势。接到成吉思汗的召命之后，便不辞"冒雪冲霜"，万里跋涉，率领弟子赴召。他在见到成吉思汗之后，即积极为其统一天下献策，从而受到殊宠，为全真道在元代的大发展奠定了基础。成吉思汗下诏将他所居之太极宫更名为"长春"，并遣使劳问："朕常念神仙（按指邱处机），神仙毋忘朕也。"元太宗窝阔台在即位之前，便于公元1229年七月在乾楼辇接见了全真道士李志常。同年八月窝阔台即位之后，李志常便一直受其尊宠，屡被征聘，赐号"玄门正派嗣法演教真常真人"，并为他修建终南山祖庭重阳宫以及其他许多宫观。

　　在宪宗蒙哥执政期间，更加频繁地召见李志常，令其掌道教事，咨以治国保民之术，前后赏赐甚多，彼此亲密无间。

　　而且李志常周围的其他道士如綦志远、王志坦、李克柔等，皆受到宠信。

　　由于从成吉思汗以来，全真道一直受到蒙古统治者的重视，到宪宗蒙哥时便已有较大的发展。孟樊鳞在《十方重阳万寿宫记》中盛称："历观前代列辟重道尊教，未有如今日之极；教徒蕃衍，道门增广，未有如今日之盛。兴作之日，四方奔走，而愿赴役者从之如云。"由此可见，在蒙古统一全国之前，全真道的势力已经相当强盛。

　　真大道教的五祖郦希诚，亦见知于宪宗，被授以"太玄真人"之号，令其领道教事。据《洛京缑山改建先天宫记》记载："五祖当教之日，值大元立国之初，……自戊戌（1238）

　　以来，化因以洽，南通河岳，北极燕齐，立观度人，莫知其数。"表明此时真大道也有很大的发展。

　　在元世祖忽必烈当政期间，对北方新道派继续予以尊崇。

　　至元六年（1269），下诏增封全真道崇奉的神仙人物王玄甫为"东华紫府少阳帝君"，钟离权、吕洞宾、刘海蟾、王重阳皆赐"真君"之号，王重阳的七大弟子马钰、谭处端、刘处玄、邱处机、王处一、郝大通、孙不二均封为"真人"。对其他一些道教徒亦不断地赐赠封号，如中统二年（1261），诏赠全真道嗣教六祖尹志平为"清和妙道广化真人"；追赠清贫道人夏志诚为"抱道素德真人"；特赠全真道宗师王栖云为"惠慈利物至德真人"；玄门掌教大宗师李志常为"真常上德宣教真人"。中统三年，赠玄门掌教真人张志敬为"光先体道诚明真人"，并赐金冠云罗法服一套，仍命翰林词臣作《瑞应记》，勒石立碑。至元十年，又召王志坦袭教，加号真人。至元二十二年，赐徐志根为"崇玄诚德洞阳真人"。

　　忽必烈即位之前，便与太一道四祖萧辅道有交往，即位之后，对五祖李居寿更是尊崇备至，眷顾频繁。至元元年召赴阙，特赐号"太一演化贞常真人"。至元十一年，为其建太一宫于两京，命居寿主领祠事。甚至连皇太子是否应参预国政之类的大事，也先征求他的意见然后行事。《秋涧集》卷三十八《清跸殿记》称："居寿等遭际圣明，显异家教，其临幸之荣，又为前代希阔之遇。"

　　对真大道六祖孙德福也异常器重。至元五年，赐号通玄真人，命其统辖诸路真大道。七祖李德和、八祖岳德文，也都受其宠遇。据虞集《岳祖碑》的记载，到岳德文掌教时，"西出关陇至于蜀，东望齐鲁至于海滨，南极江淮之表"，皆有奉其教戒者，甚至江南亦有"三千余人，庵观四百"，说明真大道已传到全国各地。忽必烈为了消灭南宋，统一全国，至元十一年决定大举伐宋，并加紧争取江南道教的支持。至元十二年七月，便遣使去江南搜访僧、道。次年攻下南宋首都临安后，即确定江南名山仙迹之宜祠祀者，江西玉隆宫即居其一，净明道士在此时受到很高的礼遇。此后，又亲自召见武当派道士叶云莱和茅山宗三十八代宗师蒋宗瑛及四十三代宗师许道杞等，委以道职。因龙虎山天师道是江南很有势力的道派，故天师道特别得其关怀。据《元史·世祖本纪》载：

　　忽必烈在至元十三年四月，召嗣汉天师张宗演赴阙，特赐玉芙蓉冠、组金无缝服，赐号为"演道灵应冲和真人"，命其领江南诸路道教，仍赐银印。次年，张宗演还江南，以其弟子张留孙留京师。十五年五月，制授张留孙江南诸路道教都提点，并建汉祖天师正一祠于京城，诏张留孙居之。十六年诏谕张留孙悉主淮东、淮西、荆襄等处道教，从而使天师道的势力发展到华北和华中广大地区，成为龙虎宗的一个支派，称为玄教。此后，又多次召张宗演赴阙。至元二十四年二月，他又遣使持香币诣龙虎、阁皂、三茅设醮，表示他对三山符箓派的顶礼。忽必烈不仅对南北新旧道派的首领十分尊重，对其他不甚知名的道教人物也给予礼遇。如中统二年（1261）七月，曾为炼师王道妇筑道观于真定，赐名"玉华"。在位期间，与道教有关的各种醮事活动十分频繁，建造或培修的宫观亦甚多。事实表明，忽必烈把成吉思汗所奠定的崇道政策作了全面的发展。

　　成宗铁穆耳"承天下混一之后"而"善于守成"，继续奉行忽必烈的崇道政策，对江南天师道特别重视。他即位伊始，便于元贞元年（1295）加封张陵为"三天扶教辅元大法师正一静应显佑真君"，并赐嗣汉三十七代天师张与棣等十三人玉圭各一，以表示他"不忘祖天师之遗烈"。元贞二年正月，又授张与材为"太素凝神广道真人"，管领江南诸路道教。大德五年（1301），召见张与材于上都幄殿。八年授正一教主，主领三山符箓，这对江南符箓各派的融合起了促进作用。成宗对张留孙特别尊宠，大德（1297～1307）中，加号为"玄教大宗师"，同知集贤院道教事，且追封其三代皆为魏国公，官阶品俱第一。大德十一年又授吴全节为玄教嗣师，赐银印，视二品。

　　成宗在给天师教徒授封赐物的同时，还于大德七年加封真武为"元圣仁威玄天上帝"，又加封许逊为"至道玄应神功妙济真君"。此外，与道教有关的一些民俗神也受到了他的加封。

　　武宗海山在位时间很短，登极之后立即召见张留孙，升他为大真人，知集贤院，位大学士上，寻又加特进。又赐吴全节七宝金冠，织金文之服，并赠其祖昭文馆大学士，封其父司徒、饶国公，母饶国太夫人，名其所居之乡日荣禄、里曰具庆。

　　仁宗爱育黎拔力八达崇尚儒学，对道教亦继续尊崇。即位之后，特赐三十八代天师张与材以宝冠及组织文金之服。延皊三年（1310）张与材去世，又授嗣汉三十九代天师张嗣成"太玄辅化体仁应道大真人"号，继续主领三山符箓，并掌江南道教事。玄教宗师张留孙加授特进上卿，开府仪同三司，加号"辅成赞化保运玄教大宗师"，刻赐玄教大宗师玉印。

　　英宗硕德八刺在位仅三年余，即为其臣下所弑，元代统治亦到了盛极而衰，急转直下，难以收拾的地步。对道教仍实行利用与限制相结合的政策。除对嗣汉天师张嗣成继续加以尊宠之外，至治二年（1322）五月，又以吴全节为玄教大宗师，特进上卿。但在尊宠的同时，也有一定限制。同年十二月，"以掌道教张嗣成、吴全节、兰道元各三授制命、银印，敕夺其二。"特别是对道士中有图谋不轨或敢于犯上作乱者，如济南道士李天祥、郃阳道士刘士先、凤翔道士王道明等，则予以坚决镇压。这种利用与限制相结合的政策一直维持到元代灭亡。

　　总之，元代统治者对道教也是十分尊崇的。其所尊崇的重点则前后略有不同。在灭南宋之前，主要是对北方的全真道、真大道教和太一教等道派的大力争取和利用，尤以争取利用全真道最为突出。这是由于全真道的影响远在大道教和太一道之上，特别是在山东地区，成为蒙、金、宋三方争夺的对象。在灭南宋以后，其重点转为争取南宋统治区内最有影响的天师道。这种前后重点的不同，是从建立和巩固其统治出发的。而道教在元代统治者的崇奉下也获得很大发展。在元统一全国之后，天师道在北方得到迅速传播，全真道则在江南有较大发展。其他力量较为薄弱的各派道教则逐渐分别与天师道和全真道相融合，符箓各派融入天师道之后统称为正一派，从而形成正一道与全真道两大派别，在明以后继续流传。在南宋与金、元对峙及元统治的历史背景下，当时文士入道者较多，形成汉族士人与道士的结合，许多道教领袖人物均具有较高的文化修养，与名士交往密切，这对提高道教的素质和促进道教的发展，都提供了有利的条件。道教的教理、教义在道教内部各派相互融合以及道、儒、释融合的基础上，以内丹学说为主流，呈现蓬勃发展的趋势。但在元末，道教也逐渐暴露出教徒发展过滥、素质有所下降、上层日趋腐化的弱点，这在全真道方面更为明显。